Према народном предању забиљеженом у Троношком и у Пећком љетопису манастир су подигли краљ Драгутин и његови синови Стефан, Владислав и Урош, односно Урошиц, а који су владали овим просторима крајем XIII и почетком XIV вијека. Најстарији писани помен манастира је запис на Јеванђељу из 1550-1551. године, којег је руски протопрезвитер Јаков поклонио игуману Папраће Григорију. Ово је уједно и први податак о врло живим везама манастира са Русијом. Нарочито су те везе биле честе током XVI и XVII вијека, што се да закључити по записима у којима се помињу прилози у новцу и књигама. Постоји дванаест писама руских царева која говоре о помоћи српским манастирима. Писма се налазе у Московском архиву, а Василије Ђерић их је преписао 1907. године. Претпоставља се да је и манастирски храм проширен средином XVI вијека. Из 1551. године је и једно Јеванђеље које је у Пољској преписао дијак Михаило, који за себе каже да је из благовјештенског манастира Папраће. Године 1553. монаси из Папраће иду у Пољску. Том приликом манастиру Папраћи поклоњен је Псалтир, који је о трошку Николе Србина преписао ђакон Михаило Зборожевич Александрович, а у вријеме пољског краља Жигмунда. У то вријеме манастир Папраћа је утицао и на градњу цркве на старом црквишту манастира Троноше. У вези са том градњом помињу се Арсеније и Генадије од Папраће.

According to folklore recorded in the Tronoški and Peć chronicles, the monastery was built by King Dragutin and his sons Stefan, Vladislav and Uroš, i.e. Urošic, who ruled this area at the end of the 13th and the beginning of the 14th century. The oldest written mention of the monastery is an entry in the Gospel from 1550-1551. year, which the Russian protopresbyter Jakov presented to Abbot Papraća Grigori. This is also the first information about the monastery's very active ties with Russia. These connections were especially common during the 16th and 17th centuries, as can be concluded from records that mention contributions in money and books. There are twelve letters from Russian emperors that talk about helping Serbian monasteries. The letters are in the Moscow Archive, and Vasilije Đerić transcribed them in 1907. It is assumed that the monastery church was expanded in the middle of the 16th century. There is also a Gospel from 1551 that was transcribed in Poland by the disciple Mihailo, who says that he is from the Annunciation Monastery of Papraće. In 1553, the monks from Papraca went to Poland. On that occasion, the Psalter was presented to the Papraća monastery, which was copied at the expense of Nikola Serbin by deacon Mihailo Zboroževič Aleksandrović, and during the time of the Polish king Sigismund. At that time, the Papraća monastery also influenced the construction of the church on the old site of the Tronoše monastery. In connection with that construction, Arsenije and Gennadije from Papraća are mentioned.

Папраћки игуман Захарије ишао је у Русију 1585. године и од цара Фјодора Ивановича добио помоћ за манастир од 120 рубаља. Сљедеће 1586. године игуман Захарије и братство манастира начинили су кивот од сребра за манастир Папраћу. Овај кивот је 1679. године пренесен у Стару цркву у Сарајеву. Игуман Лонгин је 1591. године ишао у Москву и од цара Фјодора Ивановича добио царску повељу о помоћи и повластицама папраћким монасима за путовање по Русији. Лонгин је ишао и 1607. године да би ове привилегије потврдио и код цара Василија. Са ова два путовања донио је, осим новчане помоћи, и књиге које су касније преписиване. У вријеме аустријско-турских борби око Зворника манастир је запустио 1717. године. Манастирско имање је преваром припало Ферхат-паши који је избјегао из околине Будима и настанио се у селу Папраћи. У то вријеме манастир је много страдао. Манастирске зграде су уништене, а црква је остала без крова. Патосне плоче из храма однесене су у Травник и вјероватно употријебљене при градњи тамошње џамије. Радове на обнови манастира у 19. вијеку почео је поп хаџи-Захарије Поповић. На његовом надгробном споменику, који се налази уз цркву, пише да је он обновио цркву 1853. године. Тада је за обнову или изградњу цркве био потребан турски ферман. Да би добио ферман од султана помогла му је угледна српкиња Стака Скендерова из Сарајева. Обнова манастира није била по вољи околних муслимана, који су устали против предводника обнове проте - попа Захарија и они су га протјерали у Србију. У Србији је провео неколико година. Приликом повратка из Србије донио је звоно за манастир.

Abbot Zacharie of Paparazzi went to Russia in 1585 and received 120 rubles of aid for the monastery from Tsar Fyodor Ivanovich. The following year, in 1586, abbot Zaharije and the brotherhood of the monastery made a silver ark for the Papraca monastery. This coffin was transferred to the Old Church in Sarajevo in 1679. Abbot Longin went to Moscow in 1591 and received from Emperor Fyodor Ivanovich an imperial charter on assistance and privileges to the monks of Paparazzi for traveling around Russia. Longinus also went in 1607 to confirm these privileges with Emperor Basil. With these two trips, he brought, in addition to financial aid, books that were later copied. During the Austrian-Turkish battles around Zvornik, the monastery was abandoned in 1717. The monastery estate was fraudulently acquired by Ferhat Pasha, who escaped from the vicinity of Buda and settled in the village of Papraći. At that time, the monastery suffered a lot. The monastery buildings were destroyed, and the church was left without a roof. Pathos slabs from the temple were taken to Travnik and probably used in the construction of the mosque there. Work on the restoration of the monastery began in the 19th century by priest Zaharije Popović. On his tombstone, which is located next to the church, it is written that he rebuilt the church in 1853. At that time, a Turkish firman was needed to rebuild or build a church. In order to get a firman from the sultan, he was helped by a prominent Serbian woman, Staka Skenderova from Sarajevo. The restoration of the monastery was not to the liking of the surrounding Muslims, who rose up against the leader of the restoration, priest Zaharij, and they exiled him to Serbia. He spent several years in Serbia. On his return from Serbia, he brought a bell for the monastery.

Дабробосански митрополит Дионисије II освештао је обновљену цркву 1869. године. Све до 1880. године Папраћа је служила као парохијска црква, а тада долази игуман Пајсије Филиповић који поново обнавља манастир. За старјешину Папраће је 1892. године дошао архимандрит Кирил Хаџић из манастира Моштанице. Архимандрит Кирил је 1893. године поставио патос од камених плоча у храму. Затим, купио је имање и засадио манастирски виноград. 1901. године у Папраћу је дошао архимандрит Данило Билбија из Босанског Грахова. Он је поправио цркву и поставио под у спољној припрати. 1905. године је саградио нови конак, а 1907. године саградио је школу. Архимандрита Данила је наслиједио игуман Јоаким Трбојевић, који је 1936. године завршио оградни зид око манастира, подигао дрвену звонару и купио велико звоно. Током Другог свјетског рата манастир је поново запустио. Црква је претрпјела мања оштећења. Након рата на темељима старог конака подигнут је нови и обновљен је манастирски живот. На иконостасу се истичу иконе из XIX вијека Христос у стојећем ставу и Богородица са Христом дјететом. Иконе су рад Милије Марковића из Београда, а манастиру их је 1867. године приложио Миша Атанасијевић, чувени задужбинар капетан-Миша из Београда.

Metropolitan Dionysius II of Dabrobosan consecrated the restored church in 1869. Until 1880, Papraća served as a parish church, and then Abbot Pajsije Filipović arrived and restored the monastery again. In 1892, Archimandrite Kiril Hadžić from the Moštanica monastery came to serve as the elder of Papraća. In 1893, Archimandrite Kirill installed a pathos of stone slabs in the temple. Then, he bought a property and planted a monastery vineyard. In 1901, Archimandrite Danilo Bilbija from Bosanski Grahov came to Paprać. He repaired the church and laid the floor in the outer chancel. In 1905, he built a new hostel, and in 1907, he built a school. Archimandrite Danilo was succeeded by abbot Joakim Trbojević, who in 1936 completed the fence around the monastery, erected a wooden belfry and bought a large bell. During the Second World War, the monastery was abandoned again. The church suffered minor damage. After the war, a new one was built on the foundations of the old inn and monastery life was renewed. On the iconostasis, icons from the 19th century stand out: Christ in a standing position and the Virgin with the Christ Child. The icons are the work of Milija Marković from Belgrade, and they were donated to the monastery in 1867 by Miša Atanasijević, the famous benefactor of Captain Miša from Belgrade.